１８３５年９月、英国の軍艦ビーグル号がガラパゴス諸島を訪れた。巨大なゾウガメとイグアナたちが支配する“魔の島”で、上陸者が次々と奇怪な死を遂げる。敢然と謎に立ち向かった若き日のダーウィンであったが…。『種の起源』に秘められた謎が、いま明かされる。