忍者の国・伊賀の里をゆるがす大事件！忍術を使ってピンチを乗り切ろう！エマとケンジは、友達のトーマとともに戦国時代の伊賀の里にタイムワープしてしまった。そこで出会ったのは、忍者修行中の子どもたち。彼らといっしょに忍者の生活や忍術を学ぶエマたちだったが、やがて里を巻き込む大事件が起きて…。