暗黒の洞窟から脱出したチウ一行は、目の前に広がる壮大なピナクル群落を見て、感嘆の声をあげる。その上、神秘的な羽を持ったボルネオセイランや世界最大を誇るテイオウゼミを見つけて、久しぶりに豊かな生態系を楽しんでいたが…。しかし、影のようにつきまとい襲いかかる突然変異の生物たち。今回は、巨大コオロギや数えきれないほどの大型シロアリの大群！生き延びるために、愛する家族と再会するために、一行は再び命をかけた勝負を繰り広げる。