生徒の全てを実力で計る、完全実力主義の教育学校・高度育成高等学校。最底辺のＤクラス所属の綾小路清隆は、心優しき美少女・櫛田桔梗に懇願され、Ｃクラスの陰謀で停学の危機に陥ったクラスの不良・須藤を助けることに。隣人たる堀北鈴音にも声を掛けるが、彼女はなぜか消極的。聡明な鈴音から唯一示されたヒントは、クラスメイトの地味少女・佐倉愛里の存在。事件の鍵を握る彼女を追跡するうち、清隆達は愛里の隠された秘密に気付き…。さらにはＢクラスの謎の美少女・一之瀬も加わり、須藤の救済に挑む！大人気クリエイターコンビが贈る、新たな学園黙示録第２弾！？