科学が滅び、魔法が『魔学』と呼ばれるテクノロジーとして発達したここではない世界ーそこでは“福音”と呼ばれる呪文のような技術が社会基盤となっていた。“福音矛盾”により、一切の魔学が使えなくなってから８ヶ月。高尾山の大聖堂で行われた“人柱計画”を阻止した元は、美羽・結花の仕事のサポートをして忙しく過ごしていた。魔学が使えず人々の不安と不満が募る中、ついに極東日本国は正式に科法を「科学」と認め、魔学使い達の弾圧が始まってしまう。しかし、“福音矛盾”を解決できるはずの元の力は、高尾山の事件以来全く使えておらずー！？剣姫と銃姫が閃き踊る、新世代の魔法科学バトルアクションラブコメディ第２弾！