宇宙海賊ビシディアンの助けでイゼルカントの手を逃れたキオは、キャプテン・アッシュから、宇宙を掌握できる“秘宝”ＥＸＡ-ＤＢとそれを守護する巨大ＭＳシドについて聞く。一層激しくヴェイガン殱滅を唱える祖父フリット、両陣営の戦力均衡を保つことでかりそめの平和を維持しようとする父アセム。そして新たなガンダムを託されたキオの選択とは。親子孫それぞれの視点から描かれた、百年に亘る戦いの物語。万感交到る結末がここに。