竜士の幼なじみ皐月の体内にあった“系統樹の根”。学園に潜入している夜刀野会の残党は沈黙し、皐月を護衛する竜士とレイヤはつかの間の休息を得る。一方、ＣＳ装置より覚醒した学園長の姫神マリアより「竜士の子を孕め」と命令されるベルカとレイヤ姉妹。素直に母に従う姉ベルカを前に、レイヤがした選択とはー！？そしてレベル５を集めた“世界樹計画”の真実とは！？魔法×メカ×美少女のラブコメバトルアクション！！