時は西暦２２５９年、ロンドンで不穏な行動を進める謎の男がいた。名はジョン・ハリソン。彼は宇宙艦隊を相手に大規模なテロを起こす。航宙艦ＵＳＳエンタープライズを指揮する艦長ジェイムズ・Ｔ・カークと彼の仲間たちは、この謎の男の追跡を任せられるが、それは壮絶なバトルのはじまりにすぎなかった！二転三転するミステリアスな展開で全世界の映画ファンをうならせた、超大作ＳＦ映画の小説版登場！