妖怪研究施設での大騒動を境に、妖怪はなりを潜めていた。政府は妖怪殲滅を宣言すると、不可解な政策を次々と発表。国民は猜疑心と攻撃性に包まれていき、日本は危機的状況に陥っていった。妖怪関係者は富士山麓に避難するが、荒俣宏や榎木津平太郎は、政府の特殊部隊によって捕縛されてしまう。果たして平太郎らは、妖怪出現の謎、そして世界が殺伐としてゆく真の要因を突き止めることができるのか。魔人・加藤保憲、妖怪、軍隊、妖怪関係者が入り乱れた“大戦争”が始まる！