終戦間もない日本。戦災孤児の草野瑞樹は、ある事件をきっかけに探偵の九条響太郎の助手になる。警察にも頼りにされる名探偵・九条響太郎は、「不思議紳士」と名乗る、神出鬼没で変幻自在の怪盗とは宿敵同士で、数々の対決は伝説であった。戦時中鳴りを潜めていた不思議紳士の仕業と思われる強盗殺人事件が久しぶりに発生するが、調査の最中、探偵は爆殺されてしまう。悲しみと怒りにうち震えながらも瑞樹は虎視耽々と機を狙っていた。百戦錬磨の怪盗を相手に、少年の孤独な闘いが、幕開けるー！！