涼宮ハルヒと出会ってから半年。その間俺たちＳＯＳ団が平穏な日々を送れたはずもなく、ハルヒの思いつきのせいで理不尽かつわけの解らない事件に散々巻き込まれていた。初夏には急遽草野球チームを結成し、七夕にタイムトラベルを経験した直後、失踪者の捜索にかり出され、夏休みには絶海の孤島に出向いて殺人事件に巻き込まれた。ハルヒを退屈させないために、俺の生活は非日常に侵食されていきー！？