徳川四代将軍家綱の死去と同時に、劇的な政変が勃発。新将軍には、若年寄堀田筑前守が擁立する綱吉が就任、それまで権勢を誇っていた大老酒井雅楽頭は失脚する。それに伴い、公儀隠密の要職にあった伊賀組が解任され、替って根来衆が登用される。主命を受けた二人の根来忍者、秦漣四郎と吹矢城助は、隠密として江戸を後にした。だが、彼らの行く手には復讐の怨念に燃える伊賀忍者たちの執拗な妨害が…。傑作長猛忍法帖！