無事に進級を遂げた俺の背後席には、相変わらず涼宮ハルヒが鎮座していた。古泉曰く、春休み最終日に中学時代の俺の友人・佐々木に出会ってから閉鎖空間の出現頻度が高まっているらしい。そしてとある土曜日の朝、ＳＯＳ団と待ち合わせ中の俺の前に佐々木が再び現れたわけだが、その両脇に随伴していた二人の少女が問題だった。それは二月に朝比奈さんを攫った誘拐犯と正体不明の謎女で！？