妖怪研究施設での大騒動を境に、妖怪は鳴りを潜めていた。政府は妖怪殱滅を宣言すると、不可解な政策を次々と発表。国民は猜疑心と攻撃性に包まれてゆく。妖怪関係者は迫害を逃れて富士山麓に避難するが、荒俣宏や榎木津平太郎は、政府の特殊部隊によって捕縛されてしまう。平太郎らは、妖怪出現の謎、そして日本を殺伐とさせる真の要因を突き止められるか？加藤保憲、妖怪、軍隊、妖怪関係者が入り乱れた“大戦争”が始まる！