スパルタクスが起こした混乱に乗じ大聖杯を強奪したシロウ・コトミネ。彼はジャンヌ・ダルクと遂に相対する。かつて人々から敬愛された二人のルーラーが新たな聖杯大戦を勃発させる。一方、戦場の外にいたジャック・ザ・リッパーが聖杯獲りのためマスター暗殺に動き出すー。そしてホムンクルスであった少年、ジーク。“竜殺し”に変身して生命を削られる彼もまた、サーヴァントとして苛烈な戦いに身を投じることを決意する！！