タクミと草介、風香は、アメリカからひとりで来日したばかりのトーマスとトモダチになる。なぞの男に追われる彼が見せてくれたのは、世界中でたった２つしかない、ひいおじいさんの形見の懐中時計だった。もう１つは日本人の緒方という人が持っているという。懐中時計のなかに「暗号」を見つけたタクミたちは、「からくり探偵団」として緒方さんをさがすことになる。「暗号」いっぱいのミステリー！