物語の舞台は、２０１３年の現代。ロンドン、モスクワ、ベルリン、ニューヨーク…。大都市の超高層ビルが次々と崩壊するという、同時多発爆破事件が発生。いつ、誰の意志で計画されたかもわからない無差別テロは、世界を不安とパニックへと陥れていた。かつて、世界が危機に陥るたびに、人々を救った９人のサイボーグ戦士がいた。その役目を終え、各々の故国へと帰っていたゼロゼロナンバーサイボーグ達は、生みの親であるギルモア博士からの呼びかけによって、再び集結しようとしていた。一方、ゼロゼロナンバーサイボーグのリーダーである日本人、００９こと島村ジョーは、過去の記憶を消し、東京・六本木でひとり、暮らしていた。サイボーグ戦士最後の切り札であるジョーは、ギルモア博士によって約３０年間、３年に一度、記憶をリセットされ、高校３年間を繰り返していたのだ。全世界同時多発爆破事件の犯人とは？ヒーロー不在の時代、彼らは、誰がために戦うのか？彼らが立ち向かう、新たな時代の「正義」とは。