Ｘロボットアカデミーの入学試験に合格し、パイロットの訓練生となったジェイクたち。訓練船に到着すると、さっそく各国から集結したライバルチームとの訓練が始まった。だが、Ｘベンチャーは現代に恐竜をつれてきた人類の敵として、全チームからうらまれていて…！？