理解不能な神々が引き起こす超常現象。善悪では測れず、だが確かに人々の安寧を脅かすそれは「領怪神犯」と呼ばれている。役所内に密かに存在する特別調査課の片岸は、部下の宮木と日本各地で起きる現象の対処に当たっていた。「巨大な身体の一部を降らせる神」などの奇怪な現象や、神を崇める危険な人間とも対峙しながら、片岸はある事情から現象を深追いしていく。だがそれは領怪神犯の戦慄の真実を知ることに繋がって…。