土佐の中浜村で漁師の次男として生まれ育った万次郎は、兄と釣りに出たときに見て以来、鯨に魅せられる。胸の内に棲み着いた鯨の存在は、日に日に大きくなっていった。やがて宇佐浦の鰹船に預けられた万次郎だったが、仲間たちと漁に出た際、足摺岬の沖合で遭難してしまう。さらに銛打ちの師匠・半九郎の形見の銛を追ってひとり、大海原に飛び込む。そんな万次郎を救出したのは、アメリカの捕鯨船ピークオッド号だった。