銀河暦２５０１年ー。銀河帝国は、『機械の王国』と称される第一帝国と、超能力を駆使して反抗する第二帝国に分裂し、いつ果てるとも知れぬ長い戦争に明け暮れていた。第一帝国の王子・セイは、ある日信じがたい報告を受ける。パトロール船が宇宙空間に漂流しているヒューマノイドを発見、かれらは過去からやって来たと主張し、アンザイとカガと名乗ったという…。かれらの出現は、「千年戦争」に終止符を打つ『最後の伝説』の予兆なのか。永劫の時を経て、新たな闘いの幕が開くー。第３部“銀河聖戦編”、いよいよ登場。