テキサス州。三人の少年が洞窟で異様な黒い液体に飲み込まれた。一人が絶命、救助に入った消防士の生死も不明のまま、混乱する現場は何者かに占拠され、真実は封印された。一週間後、ダラス連邦ビル爆破事件が発生。犠牲者は捜査官一人のはずが、現場からは消防士と少年の死体が発見される。何故？疑念を募らせるモルダーの前に、父の友人と名乗る医者が現れるー。父の秘密、妹の失跡、そして、モルダーとスカリーの捜査を阻み続けた影の組織とは一体何であったのか。ついにモルダーは独り、最終決着の場へ赴くー。全ての謎の全貌がいよいよ明かされる、シリーズ最高潮作。