ＦＢＩ女性捜査官モニカ・バナンが謎の失踪を遂げた。捜査陣の前に現れたのは、透視能力を持つというカトリックの元司祭ジョー。捜査に進展と混乱をもたらすこの男は何者なのか？指名手配中の身で隠遁生活を送るモルダーと、同じく捜査官を辞し、現在は医師として活躍するスカリーは、ＦＢＩの要請で捜査現場に復帰。２人は６年ぶりに“Ｘ-ファイル”の闇の世界に身を投じ、想像を絶する惨劇に巻き込まれていく…。