全てを土塊へと変える瘴気におびやかされる世界。瘴気、そして瘴気を纏い人を襲う汚染獣への対抗手段は『魔法』のみ。逢坂彼方は陸上国防隊魔戦術科学校で魔法を学んでいる。彼が訓練に励むある日、大量発生した瘴気により学校は陸の孤島と化す。全滅かと思われたその時、天才魔戦術士・百合草リイン悠が現れー。彼女に導かれ、惹かれ合いながら、彼方は瘴気の謎、自らに潜む別人格の秘密へと近づいていく。世界の終わりから始まる、学園ミリタリー幻想譚。