人間を苗床に増殖する異界の怪物・インクブスの出現によって人類は絶滅の淵に立たされていた。彼らに対抗できるのは、超常の存在から力を与えられた魔法少女のみ。女子高生の東蓮花もまた、数多の蟲を操る異端の魔法少女・シルバーロータスへと変身し日々怪物たちとの戦いを繰り広げていた。そんなある日、シルバーロータスはインクブスに襲われていた新米魔法少女のアズールノヴァを救出する。自身のファンを名乗る彼女との出会いにより、孤独なシルバーロータスの日常は徐々に変化し始めてー！？蟲を操り怪物を喰らう魔法少女ダークファンタジー、開幕！