安息の日も束の間、山小屋の番人をしていたレイ・ヤマトの愛する山麓の村を戦闘用ヘリのナパーム弾が焼き尽くした。憤りと悲しみにくれるレイはメイクレスト号の船倉におびき出され、謎のＬ大佐の声を聞く。それによれば、人種偏見に充ちたローゼン共和国に生れる、完全な白人の夫婦の赤ん坊までのすべてが肌が黒だという。異常事態だ。何者かがＢＢ計画を進めている。日本の某所に原爆をセットしたＬ大佐は、ＢＢ計画の真相を解明しろとレイを脅す。残された時間は３０日。レイは怒りを抑え、ブロンド美人のレベッカと姿の見えない敵に立ち向かう。伊賀忍者末裔レイ・ヤマトのハードアクション炸裂。