原子レベルで物質を再構成するナノテクノロジーを確立し、不死に近い肉体や半永久的な社会システムを獲得した人類。しかし２１世紀の半ば、突如その技術が暴走し地球は壊滅状態へと至る。『大転換』と呼ばれるこの出来事が起きた時から幾星霜、地球には刹那都市と呼ばれる漂流都市が出現。その都市で人々は、かつて世界を消滅させたナノテクノロジーを利用し人類の再生を図ろうとする。が、その都市も決して安住の地ではなかった。名前の如く次々と都市自体が消失してしまうのだ。その状況で生き続ける、ヤポンの魂族・ギンガは、哀しげな緑色の瞳を持つ少女と出会う。それがギンガが「殺戮王」と対峙する始まりとなった。