上条当麻は、疾走していた。ハイテク自転車『アクロバイク』で学園都市を逃げ回る。背中には、彼の腰にしっかりと手を回し、振り落とされないようにしがみつく御坂美琴の姿があった。-二人の背後から、『巨大な闇』が迫る。その『真の魔神』は、次元すら超越するほどの圧倒的な破壊の力で、上条を追う。もはや上条や美琴では太刀打ちできない。しかしそこに意外な人物が救いの手を差し伸べ…！同じ時。背中を預けながら戦う美琴の胸中にはどこか穏やかでない『上条への想い』がくすぶり始めていた…。『グレムリン：魔神襲来』編！科学と魔術が交差するとき、物語は始まる！