千数百人の生徒達を巨大学園の中に閉じ込め、人間の魂を集めることを強制する理不尽なデスゲーム「課外活動」。与えられた能力を駆使し、襲い来る殺人鬼・乃愛を撃破した幸也たち。保健室に代わる新たな拠点を探す彼らは、“園”と呼ばれる館へと辿り着く。そこで見たものは、衣食住が約束され、殺し合いを放棄し、安寧の中で共同生活を送る生徒達の姿だった。だが、この館は何かがおかしい。突如姿を消してしまった夜子を探すうちに、館を支配する女王・桜子の秘密が徐々に暴かれていくー。そして行き着く先は、おぞましき真実だった。狂気が加速する「課外活動」第二弾！