「キリト、教えて…。私は…どうすればいいの？」最高司祭アドミニストレータを倒した代償、それはユージオの死、そしてキリトの精神喪失だった。激闘から半年後。アリスは、意志の無い虚ろな表情で車椅子に乗るキリトと“ルーリッドの村”に身を寄せていた。整合騎士としての役目“人界の守護”をベルクーリに託したアリスは、心を失ってしまったキリトと静かに暮らすことを選んだのだ。そして、“アンダーワールド”には、賢者カーディナルの預言した“最終負荷実験”が刻一刻と近づきつつあった…。“ダークテリトリー”からの邪悪な息吹が“人界”に流れ込み始める。ついに、恐るべき闇の軍勢が動き出そうとしていた。