ＳＡＯから未だ帰還しないアスナを救うため、疑惑のＶＲＭＭＯ“アルヴヘイム・オンライン”にログインしたキリト。その次世代飛行系ゲーム“ＡＬＯ”は、“魔法”という概念、プレイヤーの反応力と判断力が勝敗を決めるアクション要素、そして“妖精”となって空を駆け巡る“飛翔システム”と、“ＳＡＯ”に勝るとも劣らない高スペックで数多のプレイヤーを魅了していた。“妖精”スプリガンとなったキリトは、アスナの幽閉先ー全プレイヤーの最終目標“世界樹”目指し突き進む…！道中、妖精種族“サラマンダー”のプレイヤーたちの策略により、絶体絶命の危機に陥るキリトだったが、“シルフ”の少女・リーファの助力、ナビゲートピクシー・ユイのバックアップを受け、どうにか九死に一生を得る。そしてついにキリトは“世界樹”の根元までたどり着く。しかしそのとき、リーファとキリトは互いの“秘密”を知ってしまい…。