人型機動兵器『ドウル』最強部隊『ソフィア』への入隊を目的とした訓練校に、早乙女蒼生が入学して丸三ヶ月が経った。蒼生の姉・朱理、『ソフィア』のエクサーという素性を隠す玲音、反体制組織『ゲノムス』加入を偽装する龍一の四人は、日々、ドウルマスターとしての訓練に励んでいた。地球では『ゲノムス』によってポリス反乱軍が蜂起するも、『ソフィア』により一瞬で鎮圧されていた。この結果は、『龍一脱走作戦』の早期決行を決定づける。そして迎えた、クリスマス前の訓練航海。玲音、龍一、蒼生による、互いの素性を知らないドウル三体の激突が始まるー！