ローマ正教の暗部『神の右席』最後の一人、フィアンマがロシアから起こした第三次世界大戦は、上条当麻の活躍により終結した。彼の、消失と共に。ここは上条当麻が存在しない世界。魔術サイドは再編・改善がすすみ、信徒たちには安息の日々が訪れていた。科学サイド総本山の学園都市では、最強の超能力者・一方通行が、『闇』と手を切り、打ち止やめ番外個体と共に騒がしくも穏やかな日常を過ごしていた。そこには『グループ』の影も無い。元スキルアウトの無能力者・浜面仕上は、ロシアで手に入れた『闇』との交渉材料を懐に、絹旗、滝壼、そして帰ってきた麦野と共に新生『アイテム』を結成、活動を再開する。闇からの『卒業生』たちは、平穏を手に入れたのだ。-凶悪な『新入生』が、彼らの前に現れるまでは。新約編、スタート。