怒濤のゴールデンウィークが過ぎ去り、第二科学部に腰を落ち着けた高行は、部長であり、生まれながらに常識外れの頭脳を持った天才ー“ジーニアス”の海竜王寺八葉、そして同じく入部した有屋美月と騒がしい日々を送っていた。しかしある日、第二科学部が居を構える『部室長屋』に学園都市運営機構の息がかかった『統括委員会』が現れ、長屋の取り壊しと退去を一方的に通告してくる。高行たち三人は個性豊かな長屋住人たちと協力して、抵抗運動を起こすが、委員会側は何やら卑劣な策を巡らし…？第二科学部、いきなり解散の危機！？加速する青春ストーリー、待望の第２弾。