謎のファンタジー世界に入り込んでしまったキリト。ＶＲＭＭＯチックなその空間で最初に出会った少年・ユージオ。“ＮＰＣ”とは思えないほど感情が豊かなその少年と共に、キリトは央都“セントリア”に向かい、そして、二年が過ぎたー。キリトとユージオは、“北セントリア帝立修剣学院”の“初等練士”となり、それぞれ先輩であるソルティリーナとゴルゴロッソの指導を仰ぎながら、人界最強の秩序執行者“整合騎士”を目指す日々に明け暮れていた。央都を統べる“公理教会”の中枢にたどり着くため、二人はあまたの障害をはねのけ、学院にわずか十二人しか存在しない“上級修剣士”を目指すー！壮大なるヴァーチャル・ワールド・スペクタクル。