横浜で催される『全国高校生魔法学論文コンペティション』。この魔法科高校生徒達の晴れ舞台に、突如謎の武装集団が侵入した。彼らの正体は、『大陸』からやってきた大亜連合軍の魔法師とその機動兵器群。目的のためには市民殺害も厭わない武装軍によって大混乱に陥る中、司馬達也は生徒会メンバーと共に窮地からの脱出を模索する。同時刻。コンペ会場に、最新鋭魔法技術武装集団、国防陸軍第一〇一旅団独立魔装大隊が現れる。驚く七草真由美や十文字克人を尻目に、劣等生・達也は戦場の最前線へと向かうよう『命令』を受ける。訝しむ魔法科生徒達の中、「お兄様。ご存分に」「征ってくる」深雪との『儀式』を終えた達也は、ついに、恐るべき“禁断の力”を解放する。