『一端覧祭』の準備期間は終わり、本番の時を迎えた。学園都市に、楽しげな人々の喧騒と賑やかな雑踏の音が響く。そして、同じ頃。街の裏側で起きている『事件』も、始まった。アレイスターの本拠『窓の無いビル』から彷徨い出た『不死の少女』フロイラインを巡り、怪物達が集結する。魔術と科学の組織『グレムリン』からは、霊装製造者マリアンと雷神トール。魔術サイドからは、『聖人』ブリュンヒルドとシルビア。学園都市からは、『超能力者（レベル５）』一方通行（アクセラレータ）、麦野沈利、そして御坂美琴。さらに、もはや『ヒト』の枠を超えた垣根提督。あらゆる“最強”が同時多発決戦を起こし、怪物達が巻き起こす嵐は『一端覧祭』開催中の学園都市を包み込む。その中で。重傷を負った“最弱”上条当麻が、フロイラインを追って走るー。