昭和十七年六月。真珠湾奇襲から珊瑚海海戦を経て、日・米の艦隊が太平洋の覇権をかけたミッドウェイ大決戦の幕が開いた。連合艦隊は、ミッドウェイとアリューシャン作戦を一体化して、一部隊がアッツ、キスカを制圧。主隊がミッドウェイを目指した。最前線には、南雲座乗の空母『赤城』率いる第一機動部隊が展開していた。超能力を発揮する鳴海大輔は「特命参謀」として赤城に乗り込むが、ハワイを発ち、西進する米太平洋艦隊の攻撃機の前に沈没の剣が峰に立つ。鳴海のテレパシーで危機を察知した片山丈は、高速戦艦に改造した『大和』で救援と、敵艦隊撃滅に大海原を驀進する。