享保元年、熾烈な暗闘の末、八代将軍の座についた徳川吉宗は、その地位を不動のものとすべく、直属の諜報機関「御庭番」を新設する。ところがそれが、幕府隠密役復帰を悲願とする伊賀・甲賀の忍者との軋轢を生み、ついには紀州・尾張両藩の存亡を賭けた闘争へと突き進む。かくして秘術が尽くされ、血で血を洗う壮絶な闘いが江戸の闇の奥で繰り広げられる。その死闘のゆきつく果ては…。