「われわれの怨念のパワーで、怪獣墓場を動かしてやる。そして、おまえたちに地獄を見せてやる！これはわれわれからの挑戦だ！」１９××年、滅んだと思われていたバルタン星人により、東京都心の空間は、怪獣墓場の空間と合体してしまった…。はたして、ハヤタ隊員＝ウルトラマン＝きみは、科学特捜隊の協力のもと、次元震動銃を完成させ、東京都民を、いや、地球の人々を救うことができるのだろうか！