東京湾晴海埠頭の沖合で元警視庁巡査部長でジャーナリストの中川一邦の死体が発見された。司法解剖での所見は殺人を示唆していたが、再度提出された“精密鑑定書”には事故死を意味する“溺死”の文字。それを受け、捜査本部はわずか３日で解散した。警視庁捜査一課の楠木宗一郎警部補は一連の経過に不審を抱き、月島東署刑事・菊山エリカ、大都新聞社社会部記者・新城康之らとともに、極秘で事件の再調査を開始した。追う者と追われる者が錯綜する中、次第に明らかになっていく事件のどす黒く暗い闇。それは日本全国を未曾有の大混乱に陥れる重大な機密だった。