昭和５２年夏、一人の女性が密室から消え失せた。孤独な少年・ヨウイチの隣人で、女性の知人でもある男は「透明人間は存在する」と囁き、納屋にある機械で透明人間になる薬を作っていると告白する。混乱するヨウイチ。やがて男は海を渡り、２６年後、一通の手紙が届く。そこには驚愕の真実が記されていた。