タイムマシンを使って時代を行き来し、自分たちの世界の危機を救った未来Ｓ高校航時部の五人。ボーイッシュな美少女・黎、おしゃれ歴女（実は♂）・真琴、ドジな小坊主・越人、戦闘少女・凛音、探偵団の頭脳・学。ＴＰから、大阪城内で失踪したアンドロイド捜索の要請を受けて、彼らはまたもや時空を超えるはめに。行き先は、悲劇の武将、真田幸村が活躍する大坂夏の陣。調査を開始するやいなや、本来なら夏の陣が終わってから自害するはずの淀君が暗殺されてしまった！このままでは歴史が変わり、未来の平和まで崩れてしまう。学が思いついた起死回生の秘策とは！？殺人事件の犯人は？