幻夢境界での戦いを経て、妹のアリスを取り戻したハルキ。あいかわらず好意を隠そうともせず迫ってくるアリスに苦笑しつつも、平和な日々を送っていた。だが、日常はふたたび崩壊する。ハルキが幻夢境界で遭遇し、戦った敵ー奇獣たちが、現実世界にも現れるようになっていたのだ。幻夢による現実への侵食。やがて訪れるであろう、神に等しき力を持つ個体ー“侵食体”の襲来。そしてそれは、幻夢境界と現実世界、双方の崩壊をもたらすものだった。ハルキたちは“七碩罪”の協力のもとに、破滅に立ち向かうが…！？「-貴方がたには、我々の神を、殺してもらいたい」“もう一つの東京”が舞台のバトルアクション、セカンドステージ！