超能力の研究をしていた父・衛を捜して、親友の堂川恭一とともに旅をしてきた木本一志。北海道でようやく衛と再会した一志だったが、侵入した敵の研究所が爆破され、衛は命を落としてしまう…。抜け殻のようになってしまった一志だが、なんとか恭一といっしょに学校にもどる。そこには、前の学校で相当の不良だったという転校生・窪田の姿が…。サイキックボーイふたりの旅も、いよいよ終着点へ。