時は江戸、徳川家光の治世。柳生新陰流の使い手、柳生十兵衛は暗殺を重ねる日々を送っていた。「天下国家のため」という父・但馬守の命を信じて、刺客となったのである。彼の強さの秘密は、右眼に飼っている蜘蛛ー相手の動きを先に教えてくれる「千手眼」。しかし、剣の道をひたすらに求めてきた彼にとって、今の生活は地獄同然だった。己の行為に疑問を持ち始めた矢先、将軍家光に隠密の仕事を申しつけられる。魑魅魍魎が跋扈するという谷具久藩へ、十兵衛は一路探索の旅に出た。