大筒木カグヤとトネリの脅威が去り、しかし、未だ残る謎を追う為、旅に出たサスケ。それは罪を償う為でもある。道中、復讐者だったサスケを信奉する忍が人々に悲劇をもたらし、一方、木ノ葉、霧、雲の隠れ里にも危機が迫る。そこには憎悪に燃える赤い瞳…サスケが見つめる未来とは。