高校生の乙骨憂太は、「呪い」となった幼なじみ・祈本里香に憑かれ苦しんでいた。そこに最強の呪術師・五条悟が現れ、憂太を“東京都立呪術高等専門学校”へと導く。「呪い」を祓うために「呪い」を学ぶその場所で、憂太は里香の呪いを解くことを決意し、同級生とともに呪術師として歩みだすのだった。