ポケモンバッカーワールドカップを観戦するため、クラウンシティに向かっていたサトシとピカチュウたち一行。その途中、仲間を捜しているというポケモン・ゾロアと出会い行動を共にすることとなった。しかしクラウンシティでは事件が…！ゾロアークというポケモンが、伝説のポケモン、ライコウ・エンテイ・スイクンに化けて街を破壊しているという。一方、２０年ぶりにクラウンシティに現れたセレビィにも危機が迫る。いったいクラウンシティに何が起こっているのか。