新旧イナズマジャパンが戦うスタジアムに、突如襲いかかる謎のＬＢＸ軍団。その正体は、時間と空間を操り、過去の「戦い」という概念を全て消滅させようとするアスタ、サン、フランの三人だった。偶然、時間と空間がつながったことで出会ったイナズマジャパンのメンバーと、バンやヒロたちＬＢＸプレイヤーがともに手を取りあい、地球の存亡を賭けたかつてない激闘を繰り広げる。